למה בעצם בית הספר מעניש אותנו על זה שאנחנו לא באים לבית ספר (מחסירים) בלא לבוא לבית ספר (השעיה)?

כי זה משפיל לקבל השעיה, הבית ספר יוצא בפנייך ואומר שהוא לא רוצה אותך שם.
וזה בכללי עונש, לא רק לזה שלא באים, ובדרך כלל גם לא מקבלים עונש על זה שלא באים לבית ספר.

היגיון של מערכת החינוך.. לא שמעתי על זה אבל אם זה נכון זה ממש מטומטם

כי חוק חינוך חובה