תשובה אחת
ככלל, זה עניין של הסכמה. מחקר המולקולות קשור בהרכב המולקולרי של חומרים שונים, מה שבא לידי ביטוי בתכונותיהם. מחקר האטום ומרכיביו מדבר יותר על תכונותיהם הפיזיקליות - משקלים, כוחות ואנרגיות, והתנהגות חלקי האטום בתנאים השונים, בפיסיקה יש ביטוי חזק למתמטיקה, שכן מודלים מתמטיים עומדים בבסיס הפיסיקה, בעוד שבכימיה יש פחות חשיבות (אם כי הרכב מולקולרי מביא בחשבון את המספרים והמשקלים -- מסות - של החומרים), וגם כוחות ממשיכה ודחייה.