אומרים כלבים הם חיות חמודות או כלבים הן חיות חמודות?

הם

הם, מתייחסים לכלבים

כלבים הם זכרים, ככה ש"כלבים הם (מתייחס לכלבים, לא לחיות) חיות חמודות (מתייחס לחיות)"

הם כי הכוונה לכלבים

הם, הכוונה היא לכלבים לכן זה בלשון זכר.