למה יעקב אבינו בירך את הבנים של יוסף ולא את יוסף עצמו?

לכול שבט יש משמעות שונה.
אם הוא היה מברך את יוסף ובכך מכליל את שני בניו בברכה, המשמעות והמיוחדת של כל שבט(אפרים ומנשה) היו מתערבבים זה בזה.
לכן היה צורך לייחד לאפרים ברכה שונה מברכתו של מנשה, כיוון שהמשמעות של שני השבטים שונה.

הוא ברך גם את יוסף, יחד עם שאר השבטים:

"בֵּן פֹּרָת יוֹסֵף, בֵּן פֹּרָת עֲלֵי-עָיִן; בָּנוֹת, צָעֲדָה עֲלֵי-שׁוּר. כג וַיְמָרְרֻהוּ, וָרֹבּוּ; וַיִּשְׂטְמֻהוּ, בַּעֲלֵי חִצִּים. כד וַתֵּשֶׁב בְּאֵיתָן קַשְׁתּוֹ, וַיָּפֹזּוּ זְרֹעֵי יָדָיו; מִידֵי אֲבִיר יַעֲקֹב, מִשָּׁם רֹעֶה אֶבֶן יִשְׂרָאֵל. כה מֵאֵל אָבִיךָ וְיַעְזְרֶךָּ, וְאֵת שַׁדַּי וִיבָרְכֶךָּ, בִּרְכֹת שָׁמַיִם מֵעָל, בִּרְכֹת תְּהוֹם רֹבֶצֶת תָּחַת; בִּרְכֹת שָׁדַיִם, וָרָחַם. כו בִּרְכֹת אָבִיךָ, גָּבְרוּ עַל-בִּרְכֹת הוֹרַי, עַד-תַּאֲוַת, גִּבְעֹת עוֹלָם; תִּהְיֶיןָ לְרֹאשׁ יוֹסֵף, וּלְקָדְקֹד נְזִיר אֶחָיו" (בראשית מט, כב-כו).

כדי שהם יוכלו להמשיך את הדור שלו וזה בעצם הברכה הכי טובה

בגלל שהברכה הכי גדולה שיכולה להיות לאבא זה שהבנים שלו מבורכים.