אם הנחתי עכשיו תפילין בתפילת מנחה (עשיתי מנחה כי כבר עבר חצות היום- קמתי מאוחר) ואז עשיתי עמידה אחרי עלינו לשבח לתשלומין

כן

אתה יכול להניח תפילין עד השקיעה

שואל השאלה:
הנחתי כבר.. סימתי אני רק שואל

כן הבנתי ..פשוט אם ישלך ספק לזמנים אז הוספתי כי מעלי כבר רשמו לך כן

כן. התפילה לא מעכבת את הנחת תפיךין, לרמות שרצוי להתפלל עם תפילין.

במקרה שלך (אם עמידה ראשונה התפללת לשם מנחה והשנייה לשם תשלומין) - גם יצאת ידי חובת תפילה.