מה ההבדל בין אטום למולקולה?

אטום זה יחיד.
מולקולה היא חיבור של כמה אטומים ביחד (לאו דווקא אותו סוג אטום)

מולקולה מורכבת ממספר אטומים המחוברים יחדיו בקשרים כימיים.

מולקולה היא מספר אטומים המחוברים בקשר קוולנטי (קשר שיתופי של אלקטרונים).
אטום הוא בעצם נוקלאונים (פרוטונים ונייטרונים) בעלי מטען כולל חיובי (לפחות פרוטון אחד) המוקפים בעננה אלקטרונית המוחזקת על ידי המשיכה האלקטרומגנטית ביניהם.