אטום של יסוד אחד שונה מאטום של יסוד אחר במספר הפרוטונים?

כן.

לפי מספר פרוטונים.
מספר האלקטרונים משפיע על מטען האטום, לא על סוג האטום

פרוטונים בלבד.