"ההבדל בין כל החומרים בעולם הוא מספר הפרוטונים באטום של כל חומר וחומר"

כן זה תכלס מה שמבדיל בין יסודות

בטח

נכון, אבל גם יש עוד הבדלים כמו כמות אלקטרונים וניוטרונים באטום

לא.
יש גם הבדלים בין חומרים בעלי מספר פרוטונים זהה.
נגיד יש מימן, ויש דריטיום-שזה גם מימן, אבל עם יותר ניוטרונים, שהוא בעל תכונות אחרות.

נכון חלקית, כי יש איזוטופים של יסוד- אותו יסוד אבל שינויים קטנים בגרעין.

יש איזוטופים ויונים ומולקולות שונות מאותם יסודות אז ממש לא