"ההבדל בין כל החומרים בעולם הוא מספר הפרוטונים באטום של כל חומר וחומר"

לא.
יש גם הבדלים בין חומרים בעלי מספר פרוטונים זהה.
נגיד יש מימן, ויש דריטיום-שזה גם מימן, אבל עם יותר ניוטרונים, שהוא בעל תכונות אחרות.

יש איזוטופים ויונים ומולקולות שונות מאותם יסודות אז ממש לא

נכון, אבל גם יש עוד הבדלים כמו כמות אלקטרונים וניוטרונים באטום

בטח

כן זה תכלס מה שמבדיל בין יסודות