אני מכין עוגת שוקולד (פשוטה)וכתוב במתכון לשים את כל החומרים במעבד מזון (לא משהו קשה, קמח וכאלה), אפשר לערבב ידנית?

כן

אם יש ביצים עדיף שלא כי צריך לערבב אותן ממש מהר כדי שהחלבון לא יעבור דנוטרציה ויהרס

חח החלבון יעבור דנטורציה (כלומר, יתבשל) רק אם יש מים רותחים בבלילה, וזה לא משנה איך תערבב.
וגם את זה אפשר לפתור על ידי השוואת טמפרטורות, להעביר קצת מהבלילה הרותחת לתוך הביצה ולערבב ואז להעביר לבלילה.